Geboren am 8. Oktober 1941 in Wien, begann Peter Wächter bereits im Kindesalter mit dem Violinspiel, inspiriert von seinem Großvater. Seine Ausbildung erhielt er bei Erich Graf und später bei Franz Samohyl an der damaligen Musikakademie.
1961 startete er seine professionelle Laufbahn im Kurorchester Bad Gastein, gefolgt von Engagements beim Niederösterreichischen Tonkünstlerorchester und dem Burgtheaterorchester. 1964 trat er der Wiener Staatsoper bei und wurde 1965 Mitglied der Wiener Philharmoniker, wo er 1981 die Position des Ersten Vorgeigers der Sekundgeigergruppe übernahm.
Neben seiner Tätigkeit im Orchester war Wächter auch in der Kammermusik aktiv. Er war Mitglied des Philharmonia Quintetts, des Küchl-Quartetts, der Wiener Streichersolisten und des Philharmonia Trios. Er war 45 Jahre lang Mitglied der Wiener Philharmoniker, davon 44 Jahre Stimmführer der Sekundgeigergruppe. Zudem wirkte Professor Wächter 46 Jahre als Mitglied der renommierten Wiener Hofmusikkapelle. Neben zahllosen Konzertreisen im In– und Ausland, über 30 Einspielungen auf Schallplatte und CD, gründete er Wiener Philharmonia Kammermusikformationen wie unter anderem das Wiener Philharmonia Trio, -Quartett, -Quintett und -Ensemble. Seit 2001 ist er künstlerischer Leiter der Steinbacher Philharmonischen Wochen in Steinbach am Attersee.